达尔文一边和恶化的病魔作斗争，一边十分艰难地着手写作，他感到精力极度地衰竭了。更加雪上加霜的是，不久《每季评论》（1871 年7 月）发表了对达尔文的著作所进行的新的、更为激烈的评论，根据文章风格和写作技巧，达尔文断定其作者就是迈弗特。达尔文对这篇文章深感困扰。不考虑哲学和宗教的基本原则，评论虽然承认自己支持发展学说，但是又辩称：人与动物的差别，与它们同地上的尘土的差别相比，是非常巨大的。这种“假道学的无理攻击”使达尔文无比地沮丧和苦恼。他写信给华莱士说：“我很快会成为被大家看不起的人。”为了反驳众人的观点，他决定出版赖特的文章。在给华莱士的这封信里他还写道：“即使是人们不关注这本小册子，但最起码表明，并不是所有人都支持迈弗特，对待迈弗特的意见要审慎，不能无条件地全盘接受。” 这才是出版小册子的目的所在。
这是达尔文最艰难的时刻，在这一时刻很多摇摆不定的人背弃了他， 走向了他的反面，只有赫胥黎对达尔文不离不弃，一直站在达尔文这一边支持他。《现代评论》杂志发表了一篇赫胥黎写的文章，文章主要驳斥了对达尔文的攻击，在《每季评论》里的一篇貌似迈弗特写的文章里， 在华莱士的书评《论人类》里，以及迈弗特的《物种的发生》一书的第二版里都有这样的攻击。
《每季评论》的评论员（迈弗特）指出，宗教其实是顺应现代科学的，天主教会的权威领导者都承认形体被创造出来之前，就被赋予了渴求发展的意识，其实就是承认了进化论，他作出了这样的解释。在论证这个问题时，他引证了学者苏阿雷斯的著作，苏阿雷斯是一位著述丰富的耶稣教徒。赫胥黎在图书馆找到了苏阿雷斯的著作，准备深刻地了解这些所谓的权威和正统观点。正像他写信给达尔文说的那样，他在那里扫了一眼以后，就抽出了两卷看起来非常有价值的书，并决定从材料中抽出实质的东西，用对手的论据打击对手，就是援引苏阿雷斯的观点， 来打击迈弗特的观点。针对发表在《每季评论》上的攻击，赫胥黎的结束语是：这篇评论既不客观公正，又没有水准。
　　达尔文看到赫胥黎有关此事的评论之后，感到精神很是振奋。终于有人对迈弗特的攻击作出回应了。他在《物种起源》里也回应了此事。赫胥黎和琼斯•赖特分别从神学方面和哲学方面打击了迈弗特，迈弗特也受到了相当大的打击。赫胥黎写道：“那些摇摆不定的人终究会回到我们这边的战线。”的确，达尔文是非常有远见的，他预计斗争“在我们死去和消失之后”也还将继续下去。
　　达尔文高度赞赏了赫胥黎的文章，他无比高兴地看到赫胥黎对迈弗特深刻的批判，包括对神学、理性及其定义的论断的抨击，对形而上学的论断。赫胥黎支持他的《人类的起源》中的观点的行为使达尔文非常满意，这些观点是发展了的、关于道德起源的观点。他重点标注了赫胥黎反对华莱士的、关于野蛮人的智力的论据，并且以完全赞赏的态度结束了这封信：“虎克两年前对我说过，赫胥黎的文章是如此的深奥，读他的文章会令人深受启发。”
　　在《物种起源》的第六版里，新增了一章的内容。这一章主要是驳斥迈弗特对自然选择理论的批判，同时还反驳了博朗、布洛克和其他反对者。他写到，迈弗特没有提出一条有利于他自己的论据，只是把达尔文的观点和反对自然选择的观点简单地汇总了一下；迈弗特认为拉马克提倡的“器官锻炼与否学说”意义重大，其实达尔文在《动物和植物在家养下的变异》一书中谈到过这一原则，但迈弗特采取了忽视的态度； 迈弗特批判达尔文不重视不经选择的变异性，这一批判是没有道理的， 因为达尔文在这本书里恰好讨论了“不经选择的变异性”问题。
　　然后，达尔文认为迈弗特反对自然选择理论最重要的原因是：迈弗特认为“动物和植物构造的有益特性的初始阶段”无法用自然选择理论来解释。于是达尔文就举了很多例子来反驳。达尔文描述在自己的想象中自然选择是怎样起作用的。例如长颈鹿有修长的脖颈和高大的身材， 鲸鱼的须，比目鱼的两只眼睛长到一边的原因。哺乳动物为何有乳腺， 棘皮动物为何有叉棘，卷须植物为何长着卷须以及苔藓动物纲为何出现短腕幼虫和鞭状体，兰科的花朵各部分结构的改变只为借助昆虫给花授粉。
　　在迈弗特看来，“某种内在力量或者寻求发展的趋向”这样的因素可以取代选择作用，达尔文提出了这样的反对意见：这是一种神秘的、无人知晓的力量。达尔文认为突变式的物种进化根本不可能，因为通过观察家养动物，这种“突变”发生的可能性基本为零，在人类不对其进行干涉的情况下，由于正常个体杂交，突变就会迅速消失。而在自然界， 自由杂交的结果也不可能突变。